Год назад Ринтаро Окабэ удалось стабилизировать мировую линию, в которой ни один из его друзей не погибает. Однако многочисленные путешествия во времени, которые он тогда совершил, привели к возникновению множества побочных эффектов. Накопившись, они вызвали исчезновение Ринтаро из этого мира. И только его девушка Макисэ помнит о нём. Будучи талантливым физиком, она начинает искать способы вернуть любимого назад.

Макото Юки перевелся в частную академию Гэккокан и на него напал странный монстр, называемый Тенью. Он пробудил в юноше необычную силу, позволяющую вызывать Персону. Увидев большой потенциал Макото, члены секретного школьного клуба SEES, ведущие борьбу с этими существами, предлагают парню присоединиться к ним. Всегда от всего отстраненный Макото равнодушно принимает предложение, однако со временем он начинает чувствовать крепкую связь с новыми товарищами.

Ятогами Куро и Неко ищут своего друга — Адольфа К. Вейсмана — Первого Серебряного короля. Но клан Зеленых «Джунгли» во главе с бывшим семпаем Куро Мишакуджи Юкари настроены против возвращения Бессмертного владыки и всячески стараются помещать героям достичь своей цели. В то же время клан красных «Хомра» терпит развал после трагической гибели своего короля Суо Микото. Оставшись без опекуна, красной принцессе Кушиной Анне, грозит серьезная опасность: Зеленый король Хисуи Нагарэ хочет сделать

У школьника Аюуму Тамари редкое заболевание — в момент стресса части его тела кристаллизуются. А поскольку Аюуму постоянно волнуется и нервничает, то нормально учиться у него не получается, и он остаётся на второй год. Единственной отдушиной в жизни парня становится его классный руководитель Коя Онихара, отношения с которым постепенно выходят на иной уровень.

Действие посвящено боевой биографии Дюнан и Бриарея до попадания в Олимп.

После окончания очередной мировой войны наука сделала невероятные шаги — теперь каждый человек может продлевать свою жизнь с помощью кибернетических частей тела. Все жители планеты связаны в общую сеть под названием Призраки, и широко распространились кибератаки на отдельных людей с целью кражи их памяти и тел. После убийства премьер-министра Японии майор Мотоко Кусанаги и её Девятый отдел выходят на след киберпреступников.

Минуло три года с тех пор, как Синъя Когами покинул отдел расследований. Японское Управление общественной безопасности направляет следователя Аканэ Цунэмори в Южно-Восточный Азиатский Союз для расследования дела о притоке эмигрантов в Токио. Заодно она должна лично увидеть, как функционирует новый утопический город, управляемый системой Сивилла. Вдали от своего дома она вновь встречает старого знакомого.

После того как Акари, Айка и Алис стали примами, им всё реже удаётся видеться. В такие редкие минуты бывшие ученицы, а ныне — наставницы, предаются воспоминаниям о годах обучения.

История о том, как Сайтама получил свой супергеройский костюм.

Все живут мирной жизнью до поры до времени...пока над городом не появляется невидимая сфера, которую видит лишь Шидо. Это сфера является скоплением всех противоречивых чувств духов, которые запечатал Шидо и одному богу известно, что случится если эта сфера взорвется. Итак, новое свидание начинается.